Quasi a riconfermare un'opposizione non solo di fatto ma anche di principio alla potenza dei Signori feudali, a capo del nuovo borgo furono posti tre consoli, due nobili e uno del popolo. Nel 1210 il marchese di Saluzzo interruppe l'autonomia del Comune, occupandolo con le armi. Il Comune insorse nel 1231 anche con l'aiuto di profughi milanesi (questo fatto fu ricordato con l'erezione di una chiesa dedicata a Sant'Ambrogio) e nel 1238 Federico II riconobbe ai cuneesi la loro libertà. Nel 1259 cessò la vita veramente autonoma del Comune il quale si diede spontaneamente, anche per difendersi dai troppo potenti vicini, a Carlo d'Angiò, allora conte di Provenza. Con Alba, Cuneo fu la principale città dei domini angioini in Piemonte: era capitale di un distretto che si spingeva sino alle valli della Stura, del Gesso, del Grana e del Vermenagna, aveva statuto proprio, godeva di particolari franchigie e batteva moneta. Il dominio angioino, cessato nel 1382 con la sottomissione dei cuneesi ai Savoia, fu più volte interrotto: dal 1281 al 1305 fu sottomessa a Saluzzo; dopo una breve sovranità dei Savoia (1347-1348), la città fu dei Visconti (1348-1356) e ancora di Saluzzo (1356) e dei Visconti (1366-1372).

Con il passaggio della città ai Savoia si iniziò un nuovo periodo di storia con l'inserimento graduale del Comune nello Stato sabaudo in via di crescita e di formazione definitiva. La trasformazione avviene nei due secoli che vanno dal trasferimento ai Savoia alla morte di Emanuele Filiberto (1580). Questo periodo è contraddistinto da una lunga serie di assedi a cui la città fu sottoposta: Cuneo, che già nel 1515 aveva allontanato dalle sue mura gli svizzeri in attesa di Francesco I, che nel 1542 aveva costretto Claude d'Annebault, con i suoi diciottomila francesi, a battere in ritirata, nel 1557, sostenendo vittoriosamente uno dei suoi più duri assedi (dal maggio al 27 giugno contro le preponderanti forze del maresciallo di Brissac) di fatto salvò lo Stato ad Emanuele Filiberto. Il duca lo riconobbe e con diploma del 1559 concesse a Cuneo il titolo di città e la facoltà di inserire sullo stemma comunale le armi dei Savoia. Nel XVII e XVIII secolo altri assedi caratterizzarono la storia militare di Cuneo: nel 1639 e 1641 furono le truppe di Madama Reale a cingere d'assedio la città; nel 1691 i soldati del Catinat furono battuti dopo un duro assedio come poi nel 1744 i franco-spagnoli (Guerra di successione austriaca).

Con l'occupazione francese si apre l'ultima fase della storia cuneese. La città divenne capoluogo del "Dipartimento della Stura", che anticipò, mezzo secolo prima e quasi nelle sue esatte dimensioni, la definitiva "provincia di Cuneo", creata con la legge del 1859. Alla restaurazione, nel 1817, Cuneo ebbe anche una sua diocesi. Durante il Risorgimento tenne a battesimo i "Cacciatori delle Alpi", volontari di Garibaldi.

Luoghi di interesse

-> Villa Oldofredi Tadini
L'edificio sorge nel XIV-XV sec. come torre di osservazione a difesa di Cuneo. La Villa-Museo vanta una collezione di cimeli e pezzi unici raccolti nel corso dei secoli dai proprietari, le famiglie Mocchia di San Michele ed Oldofredi Tadini. la visita guidata dai proprietari, comprende la cappella, con le reliquie della Sindone di Torino, le sale del piano terra, alcune camere al secondo piano ed il parco.

-> Villa Tornaforte
Il 5 agosto 1595 - giorno sacro alla Madonna della Neve - in processione solenne vi fecero ingresso i Frati dell'Ordine di Sant'Agostino.

Durante quello del 1744 (in occasione della Guerra di successione al trono d'Austria che interessò anche la zona), la chiesa, il campanile ed il monastero subirono gravissimi danni. Dopo secoli di grazia, all'epoca dell'occupazione napoleonica i Frati attraversarono i momenti più tragici e crudeli della loro storia. La comunità dei PP. Agostiniani venne soppressa ed i Frati dispersi o massacrati. Il complesso passò al conte Bruno Tornaforte che lo trasformò in villa patrizia.

La principale squadra cittadina di calcio, l'A.C. Cuneo 1905, gioca in C2/A dalla stagione 2005/2006.